يوجد للجنة الإغاثة والطوارئ مكاتب فرعية في بعض الدول العربية والإسلامية مثل لبنان وسوريا وباكستان وليبيا والصومال وفلسطين ومصر، حيث تشرف تلك المكاتب على تنفيذ الكثير من المشاريع الصحية و الإغاثية والتي تهدف لتخفيف آثار الفقر والجوع والكوارث التي تصيب تلك البلدان.

أما بالنسبة لمكتب فلسطين فقد تم تأسيسه عام 2006 م وهو مرخص من وزارة الداخلية تحت رقم 7565  ويعمل حالياً فقط داخل قطاع غزة.